Lyon có 17 bệnh viện chăm sóc sức khoẻ cho người dân. Tiêu biểu trong số đó là bệnh viện Édouard-Herriot, bệnh viện lớn nhất vùng Auvergne-Rhône-Alpes. Lyon cũng là nơi đặt trụ sở của tổ chức chăm sóc sức khoẻ và bảo hiểm vùng Auvergne-Rhône-Alpes.

Nhìn chung Lyon có một hệ thống chăm sóc sức khoẻ được đánh giá cao, nhờ vào tỉ lệ số giường bệnh trên quy mô dân số. Theo một nghiên cứu vào tháng 10 năm 2009, Lyon đứng ở vị trí đầu tiên trong bảng xếp hạng về chất lượng chăm sóc sức khoẻ của Pháp [26]. Trên toàn GrandLyon thì cứ 10.000 dân sẽ có 11 bác sĩ đa khoa và 18 thầy thuốc chuyên khoa chăm sóc sức khoẻ [27].

Lyon là nơi thực hiện ca phẫu thuật cấy ghép tay và ghép cẳng tay đầu tiên trên thế giới vào năm 1998 và 2000. Tất cả đều được thực hiện bởi bác sĩ phẫu thuật lừng danh người Lyon Jean-Michel Dubernard.